便秘对人体的危害可分为二大类，其一是因为便秘所引起的各种不适症状，其二则为不断便秘时，可能因此而引发的疾病。

　　便秘引起的不适症状：
　　①腹痛、矢气。一般的便秘(除了痉挛性便秘之外)不太会引起腹痛，若是持续性便秘并伴有腹痛的话，几乎都是肠内积聚气体所致。
　　②头痛、肩背酸痛。便秘患者大多会出现头痛，肩膀酸痛的症状。此外，还经常会引起食欲不振、舌头粗涩、口臭、头晕、容易疲劳、心急烦躁等症状。目前尚查不出两者之间的关系，但可能与大便长期积聚肠内而产生有毒物质有关。
　　③肌肤粗糙、面部雀斑、黑斑。便秘病人的自律神经功能失常，使得皮肤的血液循环就不可避免地恶劣与不良，加入产生的有毒物质，使得皮肤变得粗糙等。
　　④荨麻疹、气喘。过敏性疾病与自律神经的功能有极密切的关系，而肠内产生的胺类，又会使这种关系更为恶化。