肛门直肠周围脓肿应当与部分相近部位的先天性疾病，以及皮肤等附属器的病变相鉴别。

　　①毛囊炎：好发于尾骨及肛门周围，有排脓的外口以及短浅窦道，特点是在外口内有毛发和小毛囊。

　　②化脓性汗腺炎：好发于肛周皮下，有广泛的病区和多个流脓的疮口，疮口间可彼此相通，形成皮下瘘道，呈蜂窝状，但其不与肛门齿线，以及直肠相通，外观可见肛周病变皮肤增厚，有广泛慢性炎症和瘢痕的形成。

　　③骶骨尾骨结核：可有结核病史，病程较长，伴有全身症状，X线可见骨质损害，与肛门直肠无关。

　　④骶骨前畸胎瘤：该病为先天性疾病，其生长部位与直肠后脓肿相似。其特征为直肠后肿块光滑，无明显压痛，有囊性感觉及分叶。X线检查，可见骶骨前有肿物将直肠推向前方或一侧，并可见散在的牙齿等钙化阴影。