一、病理组织切片检查
    活组织病理切片检查对早期可疑病变和其它良性病变的区别很有价值，取肿瘤病理组织时，应咬取肿瘤中心部位和病变与健康组织之间，不宜钳取一些坏死组织或脓苔，以便判定细胞形态、结构及性质。
    二、脱落细胞涂片检查
    取肿瘤的分泌物作成涂片进行检查(显微镜下)，直肠癌多为腺癌；肛门癌多为鳞状上皮癌，但因直肠内细菌较多，所以胞浆多被破坏，细胞边界不清，但可找到癌细胞。
    三、X线检查
    1.凡可疑肺部病变和肿瘤转移，或必须住院手术的病人，均要作胸部透视，必要时作胸部
x线摄片检查。
    2.平片检查对先天性肛门闭锁、间位结肠、肠气囊肿症和胃肠道穿孔等有较大的价值，对直肠、乙状结肠肿瘤已形成肠狭窄，指诊或乙状结肠镜都难以通过，不能判定肿瘤大小时，可作钡剂灌肠或钡剂双重造影，观察肿瘤的凹凸不平的充盈像、病变部肠管的伸展受限、肠管壁的硬直、不整、粘膜皱壁的破坏、消失或不规则蠕动异常等。
    3．钡剂灌肠检查能了解肠道器质性病变，对于肠坏死、肠穿孔者禁用。
    4．钡剂双重造影，对显示大肠的细小病变，如小息肉、早期癌肿、小溃疡、溃疡性结肠
炎、浸润性病变等效果良好。
    四、探针检查
    这是检查肛瘘不可缺少的方法之一，借此检查可知道瘘管的深浅、行走方向。检查时动作应尽量轻柔，切忌粗暴，将探针由外口探入，并以另手的食指插入肛门，在齿线附近找到内口位置，然后使探针缓慢而入，如果内外口相通，说明瘘管已形成，手术成功率较大。如遇瘘管行经弯曲，探针不易通过，宜选用粗细硬度不同的探针或弯钩探针进行检查。若确实不易探通者，亦不可强行硬通，以免穿破管壁，造成假道，而使患者增加不必要的痛苦。
    五、亚甲蓝注射
    主要是在不能确定肛瘘内口时，而采用此项方法检查。操作方法为以2％亚甲蓝溶液，用注射器由外口徐徐注入瘘管腔内，肛管直肠内先放置纱布卷条，待注射完毕，以手指紧闭瘘口，并加以拨柔，稍待片刻，然后将塞入肛门的纱布取出，观察有无染色。如有蓝色，表示有内口；如纱布未染上蓝色，亦不能肯定没有内口，主要是瘘管弯曲度较大，又常通过括约肌各部之间，由于括约肌的收缩，使瘘管闭合，亚甲蓝溶液无法通过内口进入直肠。
    六、碘油造影 
    通过碘油造影的检查方法，可以知道瘘管分支迂曲、空腔大小及碘油通过内口进入肠腔的情况。
    操作方法为用10ml注射器，吸入30-40％碘化油或15％碘化油水溶剂，装上静脉切开针头，缓慢地由外口注入于瘘管管道，当病人感到有胀痛时即可停止注入，然后进行摄片。
    注意点：①粗的冲洗针头加压；②造影前三天服卢戈氏溶液10滴作碘过敏试验。