肛门主要功能是排便。直肠无消化功能，只有少量吸收、分泌和排泄作用。
    （一）粪便的形成  食物在胃和小肠内进行消化、主要是各种消化酶的作用。结肠不产生酶，只有细菌起消化作用。结肠内有多种细菌，大肠杆菌70％，厌氧杆菌20％，还有链球菌、变形杆菌、葡萄球菌、乳杆菌、芽胞和酵母。另有极少原生动物和螺旋体。肠细菌的重要作用是能产生生理需要的物质，如食物缺乏维生素时可在肠内合成维生素K、维生素B1、B2、维生素H、维生素B12、B6、蔚酸，叶酸和消旋泛酸。也能产生吲哚、粪臭素、硫化氢使粪有臭味。如长期用抗生素则不易合成维生素而不能吸收，引起维生素缺乏症。食糜通过回盲瓣到盲肠每24小时约500~1000毫升。主要在右半结肠吸收，主要吸收水和钠，每日能吸收460毫当量的钠和350~2000毫升水。也吸收少量钾、氯、尿素、葡萄糖、氨基酸、胆酸和药物。直肠也能吸收水、少量葡萄糖、氨基酸、牛奶和药物。肠功能障碍、肠炎和感染时可影响吸收。腹泻时肠蠕动增强，吸收减少，严重时可丢失大量维生素、水和电解质。如果正常则在乙状结肠内形成粪便，等待排出。
    粪便的形成与食物无重要关系，禁食和正常喂养的动物粪便无显著区别，只是粪量减少。粪便组成都一样。含有食物中不消化的纤维素、结缔组织、上消化道的分泌物，如粘液、胆色素、粘蛋白、消化液、消化道粘膜脱落的残片，上皮细胞和细菌。如不吃蔬菜和粗糙谷类粪便组成常是一致的，即65％水分，35％固体。固体部分细菌最多可达50％，但大半细菌排出时己死亡。另外2~30％是含氮物质， 10~20％是无机盐（钙、铁、镁）。脂肪占10~20％，有2种，分解的脂肪是食物末被吸收的，中性脂肪由细菌和上皮残片而来的。另有胆固醇、嘌呤基和少量维生素。正常粪便是圆柱形，长10~20厘米，直径2~4厘米，重100~200克。食用蛋白质的粪便为棕黄色或黄色，有臭味，硬而成块，含有很多革兰氏阳性细菌。食用碳水化物的粪便为棕绿色、恶臭味、软或半液体状、酸性、含有很多革兰氏阴性细菌。正常粪便稍有棕色，这是因有粪胆素和尿胆素，粪便颜色因食物而不同，某些药物可改变颜色。正常便为硷性，其高低与在结肠存留时间长短成正比。稀便是酸性可刺激肛门周围皮肤而疼痛。食用辣椒或饮酒可引起肛门直肠反应性充血使痔疮急性发作。

    （二）排气  结肠内气体约100毫升，60％氮、10％二氧化碳、25％甲烷、5％硫化氢和少量氧气。气味因食物和气体组成而不同，如硫化氢过多可引起硫血红蛋白血症，出现紫绀为肠源性紫绀。这些气体的来源，主要是随饮食和呼吸吞入的空气，占70％。另外是细菌对碳水化物发酵而产生的，豆类、白菜、葱头产气较多。细菌发酵产生的气体，有的能燃烧，氢高达20.9％、甲烷7.2％， 电灼时可引起爆炸应注意。细菌发酵产生的气体，有的能燃烧，氢高达20.9％、甲烷7.2％， 电灼时可引起爆炸应注意。肠内气体可使结肠轻度膨胀，帮助蠕动，气体越多肠越活动，腹内有微细的噼啪肠鸣。气体过多使肠壁扩张，牵拉神经从而致疼痛。继续扩张可使肠壁血管受压妨碍吸收进一步胀气，形成恶性循环。肠气向上打嗝由食管排出，向下由肛门排出，在肠内吸收到血循环内而感结直肠粘膜内有杯状细胞，分泌硷性粘液保护粘膜，滑润粪便，帮助排便。越是远段分泌越多，直肠分泌量就更多。化学和机械性刺激可增加粘液分泌，如直肠绒毛乳头状瘤，常排出大量粘液。肛腺也分泌腺液潴留于肛窦内，当排便时被挤出滑润粪便以利排出。有的细胞分泌激素如血管活性肠肽，能刺激肠液分泌，松弛肠肌。
    （三）排便  粪便形成后，由于结肠蠕动使各部结肠收缩，将粪便推向远段结肠，这种蠕动常由肝曲开始，每日2~3次，以每分钟1~2厘米的速度向前推进到左半结肠，到乙状结肠贮留。但在进食后或早晨起床后由于胃结肠反射或体位反射而引起结肠总蠕动，以每小时10厘米的速度推进，如乙状结肠内存有粪便可使粪便进入直肠内，蓄积足够数量时（约300克左右）对肠壁产生一定压力时则引起排便反射。

    排便反射是一个复杂的综合动作，它包括不随意的低级反射和随意的高级反射活动。通常直肠是空虚的。当粪便充满直肠刺激肠壁感受器，发出冲动传入腰骶部脊髓内的低级排便中枢，同时上传至大脑皮层而产生便意。如环境许可，大脑皮层即发出冲动使排便中枢兴奋增强，产生排使反射，使乙状结肠和直肠收缩，肛门括约肌舒张，同时还须有意识地先行深吸气，声门关闭，增加胸腔压力，隔肌下降、腹肌收缩，增加腹内压力，促进粪便排出体外。如环境不允许，则由腹下神经和阴部神经传出冲动，随意收缩肛管外括约肌，制止粪便排出。外括约肌的紧缩力比内括约肌大30％一60％，因而能制止粪便由肛门排出，这可拮抗排便反射，经过一段时间，直肠内粪便又返回乙状结肠或降结肠，这种结肠逆蠕动是一种保护性抑制。但若经常抑制便意，则可使直肠对粪便的压力刺激逐渐失去其敏感性，对排粪感失灵，加之粪便在大肠内停留过久，水分被过多的吸收而变干硬，产生排便困难，这是引起便秘的原因之一。排便是可以随意志而延滞的，所以应当而且能够养成定时排便习惯。当人们早晨起床产生的起立反射，和早饭后产生的胃结肠反射，都可促进结肠集团蠕动，产生排便反射。因此，早上或早饭后定时排便符合生理要求，这对预防肛管直肠疾患是有很大的意义。应该形成起床后或饭后排便的正常反射，除非环境不允许，就不应当有意识地抑制排便。当排便反射弧的某个环节被破坏，如切除齿线上4~5厘米肠段，腰骶段脊髓或阴部神经受损伤，肛管直肠环断裂等，就会导致排便反射障碍，产生大便失禁。
    （四）免疫功能  肠粘膜表面广泛地被覆着免疫球蛋白，直肠粘膜内有免疫活性物质，两者组成了体液免疫和细胞免疫体系。肠道分泌液中的免疫球蛋白，是直肠粘膜局部抗感染的重要物质，特别是肛管周围组织具有对抗肠内细菌的特殊免疫机构，即肛管自移行上皮至复层扁平上皮内，有散在的梭形分泌细胞(IgA)。发炎时，IgA分泌亢进。